除換刀程序外，加工中心的編程方法和普通數控銑床相同。不同的數控機床，其換刀程序是不同的，通常選刀和換刀分開進行，換刀動作必須在主軸停轉條件下進行。換刀完畢啟動主軸后，方可執行下面程序段的加工動作，選刀動作可與機床的加工動作重合起來，即利用切削時間進行選刀，因此，換刀M06指令必須安排在用新刀具進行加工的程序段之前，而下一個選刀指令TXX常緊接安排在這次換刀指令之後。
多數加工中心都規定了「換刀點」位置，即定距換刀，主軸只有走到這個位置，機械手才能執行換刀動作。一般立式加工中心規定換刀點的位置在Z0處(即機床Z軸零點)，當控制機接到選刀T指令后，自動選刀，被選中的刀具處於刀庫最下方；接到換刀M06指令后，機械手執行換刀動作。因此換刀程序可採用兩種方法設計。
方法一：N010 G00 Z0 T02；
N011 M06；
返回Z軸換刀點的同時，刀庫將T02號刀具選出，然後進行刀具交換，換到主軸上的刀具為T02，若Z軸回零時間小於T功能執行時間(即選刀時間)，則M06指令等刀庫將T02號刀具轉到最下方位置后才能執行。因此這種方法佔用機動時間較長。
方法二：N010 G01 Z…T02
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N017 G00 Z0 M06
N018 G01 Z…T03
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N017程序段換上N010程序段選出的T02號刀具；在換刀后，緊接著選出下次要用的T03號刀具，在N010程序段和N018程序段執行選刀時，不佔用機動時間，所以這種方式較好。
