怪異的天氣也給了細菌滋生的溫床，尤其是家用分體空調室內機部分，過濾網、散熱片和出風滾輪上都會積聚大量灰塵和污垢。這些灰塵不僅會滋生有害病菌，產生出的異味也嚴重影響空氣質量。
調查研究表明，有近九成的家用空調細菌超標。另外，長時間停留在空調環境下，容易讓人患上「空調病」。「空調病」伴有頭暈、乏力、噁心、鼻塞等癥狀。
傳統的空調清洗只能簡單沖洗過濾網，擦拭蒸發器的表面，不能對空調蒸發器縫隙及送風系統進行全面清洗，而蒸發器內部則是灰塵堵塞最嚴重，細菌、病毒最容易繁殖的地方。研究人員就在空調內部查出包括軍團細菌、大腸桿菌、金色葡萄球菌等多種致病性病毒細菌。
只有採用深度清洗空調工作方式，才能大大減少病毒和細菌的寄生。具體方法是：選擇乾燥的晴天，將空調功能鍵選在送風狀態下運轉3至4小時，讓空調內部濕氣散發乾。然後關掉空調，拔出電源插頭，用柔軟干布擦凈空調外殼污垢，也可用溫水擦洗，但千萬不要用熱水或可燃性油等化學物質擦洗。同時，取出空調的過濾器，用消毒液清洗過濾網，晾乾后重新裝入空調內。清潔室外機時，可用清水沖洗室外機冷凝器表面，待晾乾后將機罩蓋好，其他部位不可進水。
最簡單的處理方式就是直接購買空調消毒液處理。
