電磁閥堵塞主要原因是滅菌器在排氣的過程中卡式盒內的雜質進入電磁閥內從而使裡面的活動柱塞卡住，造成電磁閥不能打開或者關閉，從而滅菌器不能正常的工作。發生這種故障的主要原因如下：
1.需要滅菌的器械在清洗的過程中有殘留物，在滅菌過程中殘留物在排氣的過程中留在電磁閥內堵塞。這種現象在口腔科中尤其嚴重。
2.在滅菌開始前需要往卡式盒內放入化學指示卡對滅菌器進行化學監測，而醫院放入的化學指示卡大多都是包內卡，這種指示卡是不防水的，在打濕後會有遷微物殘留在卡式盒內。如果沒有及時清洗乾淨，也有可能堵塞電磁閥。
3.蒸汽發生器爐壁氧化，向卡式盒噴入蒸汽時，連同氧化粉末一起噴入卡式盒內。在排氣過程中氧化粉末經過電磁閥時將其內柱塞卡住，導致不能正常升溫無法完成滅菌循環。
