反衝洗對於防止大顆粒對某些型式反滲透膜件的堵塞是有效的。但不是所有的污染都可通過簡單的反衝洗就能清除掉，還需要有周期的化學清洗。化學清洗除需增加藥劑和人工費用外，還有污染問題，所以也不可過於頻繁，每月不應超過1-2次，每次清洗時間約1-2h。
化學清洗系統通常包括一台化學混合箱和與之相配的泵、混合器、加熱器等。化學清洗常是根據運行經驗來決定(可以根據每列設備壓降讀數與運行時間的關係曲線，或是依據產水量、淡水水質和膜的壓降等)。
化學清洗所用的藥劑和方法，需根據污染源來決定。為了保證效果，在化學清洗前要進行沖洗。沖洗前先降壓，再用2-3倍正常流速的進水沖洗膜，靠流體的攪動作用將污物從膜面剝離並沖走。然後針對污染特徵，選擇清洗液對膜進行化學清洗。為了保護反滲透膜件，液溫最好不超過35℃。
系統若停用5天以上，最好用甲醛沖洗后再投用。如果系統停用兩周或更長一些時間，需用0.25%甲醛浸泡，以防微生物在膜中生長。化學藥劑最好每周更換一次。
