真空機組設計中常會碰到一些特殊工況條件，設計中必須採用一定措施才能滿足使用條件，常見的特殊工況及設計處理方法如下。
①抽除含有大量水蒸氣的混合氣體，或者類似具有較高蒸氣壓的氣體，如:乙醉、鹵代烴等。抽除這類氣體採用羅茨泵與水環泵的機組或者是羅茨泵與氣冷直排大氣羅茨泵的機組均可。但是，只要被抽氣體成分不破壞前級泵油，抽除這類氣體最經濟的設計選擇是羅茨泵與旋片泵組成的機組，在羅茨泵的進出口分別串聯冷卻器，使大量過飽和蒸汽在冷卻器中冷凝下來排走，如果前級泵採用像X-150單級旋片真空泵這種熱泵，機組適用性更強。
②對抽除高沸點物質的氣體，如:丙三醇(C3H8O3)等氣體，為避免這類氣體進入羅茨泵凝結沉積下來，必須提高羅茨泵的溫度，如充入高溫加熱的氮氣來提高泵溫。但應防止轉子因過熱而卡死。
③最多見的特殊工況是抽除含有大量灰分或顆粒狀雜質的氣體，一般處理方法均應在機組入口前加裝除塵器，除塵器的選擇應根據氣體含塵量多少和塵粒大小等因素，並注意除塵器在結構設計上保證既要達到除塵目的，又要減少通導能力的損失。
