1、完全無血液殘留肺臟組織：
2、消化肺組織：
常用細胞消化酶：胰蛋白酶、彈性蛋白酶、膠原酶。
經支氣管將酶灌注到完整的肺中消化，或把肺組織剪碎放入消化液中消化。前者比後者更有效。
3、分離純化細胞：
原代肺泡上皮細胞的分離純化主要方法：
（1）密度梯度離心法：
密度梯度離心分離細胞的原理是不同細胞的沉降係數不同，在密度梯度離心中細胞所處的位置也相應不同。 用ficoll或percoll不連續梯度離心法分離肺泡Ⅱ型上皮細胞。
（2）濾膜分離法：
肺泡Ⅱ型上皮細胞約10mm，比巨噬細胞(約25mm)和Ⅰ型細胞 (50mm-100mm)小，用150mm孔徑的濾膜初濾除去大的組織碎片，30mm-40mm孔徑的濾膜除去全部Ⅱ型細胞和部分巨噬細胞，採用 15mm的濾膜精濾。用濾膜分離操作簡單，它和其他分離方法聯合使用可以提高純度。
（3）流式細胞技術法：
根據不同細胞之間的熒光差異，用熒光物質標記篩選。肺泡上皮細胞內含有豐富的脂類物質，用親脂性熒光素標記，可以得到純度很高的細胞。流式技術分離細胞的產量很低，但純度極高。這種技術經過完善在將來會更有吸引力。
（4）免疫黏附法：
用IgG包被培養板，把肺泡上皮細胞懸液置於板上，巨噬細胞和其他大多數非肺泡上皮細胞因為含有Fc片段的受體而與IgG結合，吸附到板上，不黏附的肺泡上皮細胞被沖洗下來，簡便易行，可除去絕大多數的巨噬細胞，有效的提高肺泡上皮細胞純度。
（5）貼壁選擇法：
貼壁選擇原理：肺泡上皮細胞完成貼壁的時間不同，這種特性用肺泡上皮細胞培養時做篩選。
總之，根據肺泡上皮細胞培養最終目的，綜合幾種方法能達到預期效果。
例如：（1）先用濾膜過濾；（2）再用IgG包被法。
