在沒有採取任何預防措施的情況下，細菌會在純水中迅速繁殖並在與水接觸的表面形成一層生物膜。雖然亞0.2 微米或超濾器常被用於去除細菌，但是如果水中的細菌污染太嚴重的話，過濾器所受到的挑戰非常大，從而導致細菌和污染物的激增甚至把污染物釋放到水中。所以在過濾之前，需要通過循環或使用紫外線來控制細菌水平，同時精細的設計也是控制細菌水平的必要條件。
循環與靜態儲存的比較
在水純化系統中，經過初期純化階段（例如：蒸餾，逆向滲透）之後，通常需要進行水儲存。純化后的水可以以多種方式進行儲存：
方式1 靜態儲存
依次通過離子交換樹脂、紫外光照和過濾器后，儲存在水箱或水袋裡。
方式2 定時循環儲存
儲存於水箱中的水周期性循環地通過離子交換樹脂、紫外燈和過濾器。
方式1沒有提供控制或清除細菌的方案，因此不推薦應用於細菌水平需要控制的地方。方式2為水箱以及最終純水用水點提供最低的細菌污染水平。兩種方式的比較如下。
在純水系統中水循環是有兩個目的。流動的水會幹擾作為細菌生長中心的生物膜的建立和生長。讓水定時通過紫外燈和純化柱可以清除細菌和其他雜質，使細菌繁殖速度最小。相反，水箱中的靜態水或死角通常被認為是滋生細菌污染的根源（正如CLSI, ISPE, USP, EP所介紹的一樣）。
如下圖所示，循環可以很好的抑制細菌污染。純化水儲存於兩個25L帶除菌空氣過濾器的滅菌水箱中。每小時以1L/min的速度向兩個水箱注入純水（相當於每天注入兩個水箱體積的純水)。兩個水箱定期進行消毒。第一個水箱不進行循環處理，樣品通過無菌採樣方式獲得。第二個水箱中的水通過離子交換樹脂、紫外燈和過濾器進行周期性循環。樣品通過兩種方式採集：直接從水箱採樣和從紫外燈后採樣。結果如下圖顯。靜態水箱中的細菌水平非常高，從4至高於1000CFU/ml。而在再循環水箱中，細菌水平保持在平均2.1 CFU/ml水平，比從過濾器出來的水的細菌水平還要低。最好的結果是來自於經過紫外燈之後的樣品，0.1CFU/ml或更低。
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