氣套式加熱和水套式加熱，兩種加熱系統都是精確和可靠的，同時它們都有著各自的優點和缺點。
水套式加熱
水套式加熱是通過一個獨立的水套層包圍內部的箱體來維持溫度恆定的，其優點：水是一種很好的絕熱物質，當遇到斷電的時候，水套式系統就可以比較長時間的保持培養箱內的溫度準確性和穩定性，有利於實驗環境不太穩定（如有用電限制或經常停電）的用戶選用。
氣套式加熱
氣套式加熱是通過遍布箱體氣套層內的加熱器直接對內箱體進行加熱的，又叫六面直接加熱。
氣套式與水套式相比，具有加熱快，溫度的恢複比水套式培養箱迅速的特點，特別有利於短期培養以及需要箱門頻繁開關取放樣的培養。此外，對於使用者來說氣套式設計比水套式更簡單化（水套式需要對水箱進行加水、清空和清洗，並要經常監控水箱運作的情況，還有潛在的污染隱患）。
