微孔過濾膜廣泛應用在重量分析、微量分析、膠體分離及無菌實驗中，當選擇過濾器過濾的時候，使用前必須根據被濾介質的理化性質選用合適的微孔濾膜。作為微孔濾膜的材料有很多種，其性能又有所不同。常用微孔過濾膜有如下幾種：
（1）水系微孔濾膜：一般用於純水相的過濾。在過濾含有機相的混合溶劑時應盡量避免使用水系濾膜，以防濾膜被溶解，因為水系濾膜一般由纖維素類的材料製成。纖維素類膜材料的特點是親水性好、成孔性好、來源廣泛，但耐酸鹼和有機溶劑能力差，抗蠕變性能差。水系濾膜系列包括：醋酸纖維素膜、硝酸纖維素膜、混酯膜再生纖維素膜、聚醚碸等。
（2）有機系微孔濾膜：用於有機溶劑的過濾。常用有機系微孔膜：聚四氟乙烯膜（PTFE）、聚偏二氟乙烯膜（PVDF）、聚偏氟乙烯
（3）混合濾膜過濾：一般用於水系、有機系通用。混合濾膜過濾：尼龍膜、改性的聚偏氟乙烯（改良親水性）、聚四氟乙烯膜（改良親水性）、聚偏二氟乙烯膜（改良親水性）。脂肪族尼龍，有良好的親水性，耐適當濃度的酸鹼，不僅適用於含有酸鹼性的水溶液，亦適用於含有有機溶劑，例醇類、烴類、醚類、酯類、酮類，苯和苯的同系物，二甲基甲醯胺，二甲基亞碸等等，是適用範圍最廣的微濾膜之一。
微孔過濾膜主要用於樣品分析特別是色譜分析中流動相及樣品的過濾，對保護色譜柱及輸液泵管路系統和進樣閥等不被污染具有良好的作用。
