製藥反應釜主要有化學清洗和機械清洗兩大類方法：
1、製藥反應釜化學清洗：首先要知道設備內的垢樣成分，最好是取樣分析。確定污垢成分后先做試驗，選用清洗劑同時通過試驗確定對設備金屬不會造成腐蝕。實驗室反應釜然後通過現場架設臨時循環裝置將清洗液在設備內循環流動，洗去污垢。
2、製藥反應釜機械清洗：採用高壓清洗裝置，將150-200MPa的高壓水通過噴頭沖刷污垢。
兩種方法各有利弊，化學清洗用工少，磁力反應釜清洗時間短，清洗徹底，但是可能會造成設備被腐蝕；磁力反應釜機械清洗不會對設備產生腐蝕，對硬垢可以有效清洗，但是用時長、勞動強度大。因此磁力反應釜化學清洗應用在污垢較軟、薄的工況，機械清洗應用在污垢硬、厚的工況。
